智慧物流产业学院实行理事会领导下的院长负责制，坚持育人为本、产业为要、产教融合、创新发展，成立了由临沂市商城管委会、临沂大学、商贸物流企业多方代表组成的理事会，负责对产业学院有关人才培养、科学研究、技术创新、企业服务和学生创业等重大问题进行审议、决策、检查、指导、监督与协调。理事会设理事长1名、秘书长1名，理事若干名，聘任高校、政府、行业企业的知名人士担任理事。每一届理事会任期三年，每学期至少召开1次会议。

智慧物流产业学院设院长1名，由临沂大学物流学院院长兼任；副院长2名。产业学院下设综合办公室、教学办公室、科研办公室，具体负责相关工作。